PLANTED MOTIF SEARCH DALAM SEKUENS DNA MENGGUNAKAN ALGORITMA RANDOM PROJECTION PADA R HIGH PERFORMANCE COMPUTING PACKAGE

Tyas, Farrah Dhiba (2018) PLANTED MOTIF SEARCH DALAM SEKUENS DNA MENGGUNAKAN ALGORITMA RANDOM PROJECTION PADA R HIGH PERFORMANCE COMPUTING PACKAGE. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Abstract

Pencarian motif pada sekuens DNA merupakan salah satu permasalah yang penting dalam bidang bioinformatika. Salah satu permasalahan dalam pencarian motif ialah Planted Motif Search (PMS). Dalam penelitian ini penulis menggunakan algoritma Random Projection yang akan digabungkan dengan R High Performance Computing Package bernama pbdMPI untuk menyelesaikan permasalahan PMS. Algoritma Random Projection menggunakan konsep proyeksi atau bucketing untuk menemukan motif yang diinginkan. pbdMPI merupakan alat bantu dalam komunikasi data yang tersebar didalam core. Data yang digunakan pada penelitian ini merupakan data benchmark yang digunakan dalam penelitian. Eksperimen yang dilakukan menujukan bahwa penambahan jumlah core cenderung mempercepat waktu komputasi. Pencarian motif pada dm01r dengan 2 core selesai dalam waktu 2,19 detik, sedangkan dengan 6 core selesai dalam waktu 0,32 detik. Sedangkan semakin besar nilai batch tidak akan selalu sebanding dengan waktu komputasi yang lebih tinggi atau lebih rendah.;---The search for motives in DNA sequences is one of the most important issues in bioinformatics. One of the problems in finding the motive is Planted Motif Search (PMS). In this study the authors use Random Projection algorithm that will be combined with High Performance Computing Package called pbdMPI to solve PMS problems. Random Projection algorithm uses the concept of projection or bucketing to find the desired motif. pbdMPI is a tool in data communication spread in core. Data used in this study are benchmark data used in the study. Experiments conducted indicate that the addition of the number of cores tend to accelerate the computation time. Search motif on dm01r with 2 cores finished in 2.19 seconds, while with 6 cores finished in 0.32 seconds. While the greater the value of batches will not always be comparable with higher or lower computational times.

	Text S_KOM_130606_Title.pdf Download (90kB)
	Text S_KOM_130606_Abstract.pdf Download (149kB)
	Text S_KOM_130606_Table_of_content.pdf Download (137kB)
	Text S_KOM_130606_Chapter1.pdf Download (224kB)
	Text S_KOM_130606_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (702kB)
	Text S_KOM_130606_Chapter3.pdf Download (339kB)
	Text S_KOM_130606_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)
	Text S_KOM_130606_Chapter5.pdf Download (139kB)
	Text S_KOM_130606_Bibliography.pdf Download (223kB)
	Text S_KOM_130606_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	No. Panggil : S KOM TYA p-2018; Pembimbing : I. Lala Septem, II. Wawan Setiawan; NIM. : 1306606.
Uncontrolled Keywords:	Bioinformatika, DNA, planted motif search, random projection, high-performance computing pbdMPI, bioinformatics, DNA, planted search motif, random projection, high-performance computing pbdMPI.
Subjects:	Q Science > Q Science (General) Q Science > QA Mathematics > QA75 Electronic computers. Computer science Q Science > QA Mathematics > QA76 Computer software
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Program Studi Ilmu Komputer
Depositing User:	Isma Anggini Saktiani
Date Deposited:	15 May 2019 03:30
Last Modified:	15 May 2019 03:30
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/35095

Actions (login required)

View Item