DETEKSI GENOMIC REPEATS MENGGUNAKAN ALGORITMA BOYER-MOORE DENGAN APACHE SPARK STREAMING

Farhan Dhiyaa Pratama, - (2019) DETEKSI GENOMIC REPEATS MENGGUNAKAN ALGORITMA BOYER-MOORE DENGAN APACHE SPARK STREAMING. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Abstract

Dalam satu dekade terakhir para ilmuwan harus melakukan penelitian laboratorium
selama 3 tahun untuk menganalisa DNA. Salah satu kasus dari analisa DNA yang
membutuhkan waktu dan tenaga dalam skala besar tersebut adalah untuk
menganalisa penyakit yang disebabkan oleh pola genom yang berulang atau disebut
dengan genomic repeats. Dalam menganalisa masalah genomic repeats dilakukan
analisa string matching atau pattern matching dimana akan mencari sebuah pola
dalam sebuah teks yang berukuran besar. Algoritma Boyer-Moore memproses pola
dan membuat dua tabel, yang dikenal sebagai tabel Boyer-Moore Bad Character
(bmBc) dan tabel Boyer-Moore good-suffix (bmGs). Untuk setiap karakter dalam
set alfabet, tabel bad character menyimpan nilai pergeseran berdasarkan
kemunculan karakter dalam pola. Algoritma ini membentuk dasar untuk beberapa
algoritma pencocokan pola. Untuk itu, penelitian ini membuat sebuah model
komputasi untuk mendapatkan pola genom yang berulang atau genomic repeats
secara cepat dan efektif dengan memodifikasi dan mengimplementasikan algoritma
Boyer-Moore pada Big Data Platform yaitu Apache Spark Streaming. Hasil
penelitian ini menunjukkan adanya percepatan antara penggunaan Big Data
platform dengan perancangan 2 skenario. Skenario pertama yaitu penggunaan
cluster dengan 4 cores dan beberapa worker node dan skenario kedua yaitu
penggunaan cluster dengan 2 worker node dan beberapa jumlah core. Penelitian ini
juga membuktikan bahwa model komputasi yang dibangun menunjukkan adanya
percepatan terhadap penelitian terdahulu dengan menggunakan stand alone.

In the past decade scientists have been doing laboratory research for 3 years to
analyze DNA. One of the cases of DNA analysis that requires time and effort on a
large scale is to analyze diseases caused by repetitive genomic patterns or called
genomic repeats. In analyzing the problem of genomic repeats an analysis of string
matching or pattern matching is carried out which will look for a pattern in a large
text. The Boyer-Moore algorithm processes patterns and creates two tables, known
as the Boyer-Moore Bad Character (bmBc) table and the Boyer-Moore good-suffix
(bmGs) table. For each character in the alphabet set, bad character tables store
shift values based on the appearance of characters in the pattern. This algorithm
forms the basis for several pattern matching algorithms. For this reason, this
research creates a computational model to get repetitive genomic patterns or

genomic repeats quickly and effectively by modifying and implementing the Boyer-
Moore algorithm on the Big Data Platform, namely Apache Spark Streaming. The

results of this study indicate an acceleration between the use of Big Data platforms
with the design of 2 scenarios. The first scenario is the use of clusters with 4 cores
and several worker nodes and the second scenario is the use of clusters with 2
worker nodes and a number of cores. This study also proves that the computational
model that was built shows the acceleration of previous research using stand alone.

	Text S_KOM_1503677_Title.pdf Download (513kB)
	Text S_KOM_1503677_Chapter1.pdf Download (244kB)
	Text S_KOM_1503677_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)
	Text S_KOM_1503677_Chapter3.pdf Download (182kB)
	Text S_KOM_1503677_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)
	Text S_KOM_1503677_Chapter5.pdf Download (56kB)
	Text S_KOM_1503677_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	No. Panggil: S KOM FAR d-2019; Pembimbing: I. Lala Septem Riza, II. Erna Piantari; NIM: 1503677
Uncontrolled Keywords:	genomic repeats, algoritma boyer-moore, apache spark
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > QA Mathematics > QA75 Electronic computers. Computer science
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Program Studi Ilmu Komputer
Depositing User:	Farhan Dhiyaa Pratama
Date Deposited:	05 Feb 2020 07:03
Last Modified:	05 Feb 2020 07:03
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/38818

Actions (login required)

View Item