DESAIN PRIMER DAERAH CODING DAN 3’UTR GEN HSP70 AYAM LEHER GUNDUL (LEGUND)

Nida Firyal Fauziyah, - (2022) DESAIN PRIMER DAERAH CODING DAN 3’UTR GEN HSP70 AYAM LEHER GUNDUL (LEGUND). S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Preview	Text S_BIO_1807598_Title.pdf Download (748kB) | Preview
Preview	Text S_BIO_1807598_Chapter 1.pdf Download (130kB) | Preview
	Text S_BIO_1807598_Chapter 2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (484kB)
Preview	Text S_BIO_1807598_Chapter 3.pdf Download (210kB) | Preview
	Text S_BIO_1807598_Chapter 4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)
Preview	Text S_BIO_1807598_Chapter 5.pdf Download (178kB) | Preview
	Text S_BIO_1807598_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (718kB)

Abstract

Gen HSP70 merupakan salah satu mekanisme adaptasi tidak terkecuali ayam legund, namun penelitian dan database terkait ayam lokal masih jarang, sehingga perlu dilakukan penelitian untuk melengkapi database yaitu salah satunya dengani membuat primer gen HSP70 pada ayam leher gundul untuk mendeteksi SNP pada daerah coding dan 3’UTR sehingga dapat membantu peneliti selanjutnya melakukan penelitian terkait polimorfisme gen HSP70 ayam leher gundul. Penelitian ini, meliputi: desain primer, pengujian secara in silico (BLAST), dan in vitro dengan menggunakan sampel DNA ayam leher gundul yang berasal dari koleksi. Sampel diamplifikasi dan dilihat ukurannya dengan metode elektroforesis, kemudian dilakukan sequencing, BLAST dan aligment menggunakan MEGA. Aligment dilakukan dengan menempelkan konsensus hasil sequencing ke gen HSP70 ayam dengan nomor akses J02579.1, AY178441, AY178442, AY178443. Hasil yang diperoleh didapatkan secara in silico primer yang didesain memenuhi kriteria yang diharapkan. Secara in vitro hasil dari PCR didapatkan pita tunggal yang memiliki ukuran yang spesifik yaitu 963 bp dan 934 bp dengan suhu optimasi primer 1 60oC dan Primer 2 58oC, hasil sequencing didapatkan chromatogram satu puncak. BLAST memperlihatkan sequence homolog dengan sequence Gallus gallus pada database NCBI, setelah dipetakan hasil sequencing dengan gen J02579.1 terlihat daerah SNP target yang ikut teramplifikasi. Hal ini sejalan dengan hasil aligment yaitu terdapat dugaan keberadaan SNP walaupun harus dibuktikan lebih lanjut. Dapat disimpulkan bahwa primer yang didesain merupakan primer gen HSP70 pada ayam leher gundul dan dapat digunakan untuk mendeteksi SNP gen HSP70 ayam leher gundul pada daerah coding dan 3’UTR.Peneitian selanjutnya sembilan sampel sisanya untuk melihat polimorfisme dan asosiasi gen HSP70 ayam leher gundul.

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	Link Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?view_op=list_works&hl=id&user=uBjBlbAAAAAJ
Uncontrolled Keywords:	Ayam Leher Gundul, HSP70, Primer, SNP
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Jurusan Pendidikan Biologi > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User:	Nida Firyal Fauziyah
Date Deposited:	07 Sep 2022 02:45
Last Modified:	07 Sep 2022 02:45
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/78747

Actions (login required)

View Item