APLIKASI MULTIPLEX QPCR DENGAN PROBE TAQMAN UNTUK DETEKSI DNA AYAM, SAPI, BABI, DAN TIKUS

Hilda Nur Azizah Rahardi, - and Diah Kusumawaty, - and Didik Priyandoko, - (2025) APLIKASI MULTIPLEX QPCR DENGAN PROBE TAQMAN UNTUK DETEKSI DNA AYAM, SAPI, BABI, DAN TIKUS. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Abstract

Adanya kontaminasi daging babi dan tikus pada produk olahan daging menjadi salah satu masalah yang krusial di Indonesia karena mayoritas penduduknya beragama Islam. Sulitnya mendeteksi campuran daging tersebut membuat perkembangan teknologi deteksi daging pada makanan olahan semakin dibutuhkan. Salah satu teknik yang bisa digunakan adalah menggunakan pasangan primer multiplex dan probe taqman pada alat real time PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain pasangan primer multiplex dan probe untuk mendeteksi DNA ayam, sapi, babi, dan tikus pada DNA jaringan hewan dan DNA makanan olahan daging walaupun dalam konsentrasi yang rendah. Tahapan penelitian dilakukan dengan mendesain pasangan primer multiplex dan probe secara in-silico menggunakan Primertool Quest. Kemudian diaplikasikan secara in-vitro dengan menggunakan real-time PCR. Hasil analisa secara in-silico menggunakan Primerpooler menunjukkan bahwa pasangan primer multiplex dan probe Taqman tidak menghasilkan cross-dimer dan self-dimer. Tahapan BLAST di NCBI juga menunjukkan bahwa pasangan primer multiplex dan probe menempel secara spesifik pada DNA target. Hasil analisa secara in-vitro menunjukkan bahwa pasangan primer multiplex dan probe dapat mendeteksi DNA ayam, sapi, babi, dan tikus pada jaringan hewan dan produk makanan olahan daging hingga konsentrasi DNA minimum 1 pg pada alat real-time PCR. Penelitian ini dapat digunakan sebagai alternatif uji halal kit berbasis DNA terutama pada makanan. The presence of pork and rat contamination in processed meat products is a crucial problem in Indonesia because the majority of the population is Muslim. The difficulty of detecting these meat mixtures makes the development of meat detection technology in processed foods increasingly necessary. One technique that can be used is the use of multiplex primer pairs and Taqman probes in a real-time PCR tool. This study aims to design multiplex primer pairs and probes to detect chicken, beef, pork, and rat DNA in animal tissue DNA and processed meat food DNA even in low concentrations. The research stages were carried out by designing multiplex primer pairs and probes in-silico using Primertool Quest. Then applied in-vitro using real-time PCR. The results of the in-silico analysis using Primerpooler showed that the multiplex primer pairs and Taqman probes did not produce cross-dimers and self-dimers. The BLAST stage at NCBI also showed that the multiplex primer pairs and probes bind specifically to the target DNA. In vitro analysis results showed that multiplex primer and probe pairs could detect chicken, beef, pork, and rat DNA in animal tissues and processed meat products down to a minimum DNA concentration of 1 pg using a real-time PCR instrument. This research can be used as an alternative to DNA-based halal testing kits, especially for food.

	Text S_BIO_2103916_Title.pdf Download (740kB)
	Text S_BIO_2103916_Chapter1.pdf Download (308kB)
	Text S_BIO_2103916_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (595kB)
	Text S_BIO_2103916_Chapter3.pdf Download (452kB)
	Text S_BIO_2103916_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (532kB)
	Text S_BIO_2103916_Chapter5.pdf Download (261kB)
	Text S_BIO_2103916_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (2MB)

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=j60aHo0AAAAJ ID SINTA Dosen Pembimbing: Diah Kusumawaty: 6005459 Didik Priyandoko: 6658318
Uncontrolled Keywords:	desain in silico, DNA target, probe Taqman, real-time PCR. Taqman probes, in-silico design, DNA targets, real-time PCR
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > Q Science (General) Q Science > QH Natural history S Agriculture > SF Animal culture
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Program Studi Biologi - S1 > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User:	Hilda Nur Azizah Rahardi
Date Deposited:	08 Sep 2025 07:58
Last Modified:	08 Sep 2025 07:58
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/137783

Actions (login required)

View Item