PERANCANGAN PRIMER DEGENERATE SECARA IN SILICO UNTUK PENENTUAN JENIS KELAMIN BURUNG BERDASARKAN GEN CHD (Chromodomain Helicase DNA-Binding)

Cindy Puspita, - and Any Aryani, - and Diah Kusumawaty, - (2025) PERANCANGAN PRIMER DEGENERATE SECARA IN SILICO UNTUK PENENTUAN JENIS KELAMIN BURUNG BERDASARKAN GEN CHD (Chromodomain Helicase DNA-Binding). S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Abstract

Penentuan jenis kelamin pada burung monomorfik merupakan tantangan besar dalam konservasi dan pengelolaan spesies. Metode molekuler menggunakan polymerase chain reaction (PCR) dengan primer degenerate pada gen CHD (Chromodomain Helicase DNA binding) menawarkan solusi yang efisien dan akurat. Penelitian ini bertujuan merancang primer degenerate yang mampu mengidentifikasi jenis kelamin burung secara in silico pada berbagai spesies burung. Sekuens gen CHD dari 30 spesies burung dari 14 familia dikumpulkan dari NCBI dan dianalisis menggunakan BioEdit untuk desain primer, kemudian diuji simulasi PCR menggunakan PCRTest dan efektivitasnya dianalisis dengan Primer-BLAST. Hasil perancangan primer degenerate mampu menghasilkan satu pasangan primer ideal yaitu primer F1/R2, yang dapat mengamplifikasi gen CHD pada 55 spesies dari 18 familia dengan panjang amplikon 298-378 bp. Primer ini spesifik mengamplifikasi gen CHDW pada sebagian besar spesies, kecuali Apteryx australis mantelli yang menunjukkan amplifikasi terhadap kedua gen CHDW dan CHDZ memungkinkan identifikasi jenis kelamin yang lebih akurat pada spesies ini. Selain itu, pada spesies Hemispingus frontalis terdeteksi amplifikasi gen CHDZ. Panjang amplikon yang dihasilkan sesuai dengan standar amplikon ideal untuk penentuan jenis kelamin burung. Penelitian ini menunjukkan bahwa primer F1/R2 memiliki potensi aplikasi luas dalam identifikasi jenis kelamin burung secara molekuler, mendukung upaya konservasi dan pengelolaan spesies burung. Determining the sex of monomorphic birds is a major challenge in species conservation and management. Molecular methods using polymerase chain reaction (PCR) with degenerate primers on the CHD (Chromodomain Helicase DNA-binding) gene offer an efficient and accurate solution. This study aims to design degenerate primers capable of identifying bird sex in silico across various bird species. CHD gene sequences from 30 bird species across 14 families were collected from NCBI and analyzed using BioEdit for primer design, followed by PCR simulation testing using PCRTest and effectiveness analysis via Primer-BLAST. The degenerate primer design resulted in one ideal primer pair, F1/R2, which can amplify the CHD gene in 55 species from 18 families with an amplicon length of 298–378 bp. These primers specifically amplified the CHDW gene in most species, except for Apteryx australis mantelli, which showed amplification of both the CHDW and CHDZ genes, enabling more accurate sex identification in this species. Additionally, in the species Hemispingus frontalis, amplification of the CHDZ gene was detected. The length of the resulting amplicons aligns with the ideal amplicon standards for bird sex determination. This study demonstrates that the F1/R2 primers have broad application potential in molecular sex identification of birds, supporting conservation and management efforts for bird species.

	Text S_BIO_2105750_Title.pdf Download (914kB)
	Text S_BIO_2105750_Chapter 1.pdf Download (290kB)
	Text S_BIO_2105750_Chapter 2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (468kB)
	Text S_BIO_2105750_Chapter 3.pdf Download (373kB)
	Text S_BIO_2105750_Chapter 4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)
	Text S_BIO_2105750_Chapter 5.pdf Download (249kB)
	Text S_BIO_2105750_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	https://scholar.google.com/citations?user=msgVNbIAAAAJ&hl=id ID SINTA Dosen Pembimbing: Any Aryani: 6038233 Diah Kusumawaty: 6005459
Uncontrolled Keywords:	Burung, CHD, Gen, In silico, Penentuan jenis kelamin, Primer degenerate Bird, CHD, Gene, In silico, Sex Determination, Primer Degenerate
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > Q Science (General) Q Science > QH Natural history Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Program Studi Biologi - S1 > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User:	Cindy Puspita
Date Deposited:	29 Aug 2025 07:13
Last Modified:	29 Aug 2025 07:13
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/136838

Actions (login required)

View Item