DETEKSI MOLEKULER TUMBUHAN LANGKA MENGGUNAKAN MARKA RPOC1 SECARA IN SILICO

Aisyah Fikria Fauziah, - and Topik Hidayat, - and Tina Safaria Nilawati, - (2025) DETEKSI MOLEKULER TUMBUHAN LANGKA MENGGUNAKAN MARKA RPOC1 SECARA IN SILICO. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan primer diagnostik berbasis gen kloroplas rpoC1 secara in silico untuk identifikasi spesies tumbuhan langka. Metode yang digunakan meliputi pengambilan data sekuen DNA dari GenBank, penyejajaran sekuen ganda (multiple sequence alignment) menggunakan ClustalX, pembuatan konsensus sekuen dengan BioEdit, dan perancangan primer menggunakan perangkat lunak FastPCR. Sebanyak 182 kandidat primer telah dihasilkan, kemudian diseleksi menjadi 17 primer terbaik berdasarkan kriteria panjang, kandungan GC, dan suhu leleh (Tm). Uji in silico PCR terhadap 25 sekuen spesies tumbuhan langka yang digunakan dalam proses desain menunjukkan bahwa satu pasangan primer terbaik (1:F_1035-1055 dan 1:R_1041-1061) mampu memberikan hasil amplifikasi positif sebesar 84-88%. Namun, pada uji efektivitas terhadap 10 sekuen spesies tumbuhan langka tambahan dan 10 sekuen spesies non-langka, tidak diperoleh hasil amplifikasi positif. Hal ini menunjukkan bahwa efektivitas penanda gen rpoC1 dalam mendeteksi tumbuhan langka melalui primer diagnostik secara in silico belum dapat digeneralisasi terhadap spesies di luar dataset awal, sehingga memerlukan pengembangan lebih lanjut. This study aims to develop diagnostic primers based on the chloroplast rpoC1 gene in silico for the identification of rare plant species. The methods used include retrieval of DNA sequence data from GenBank, multiple sequence alignment using ClustalX, sequence consensus generation with BioEdit, and primer design using FastPCR software. A total of 182 primer candidates were generated, then selected into 17 best primers based on the criteria of length, GC content, and melting temperature (Tm). In silico PCR tests on 25 rare plant species sequences used in the design process showed that one of the best primer pairs (1:F_1035-1055 and 1:R_1041-1061) was able to provide positive amplification results of 84-88%. However, in the effectiveness test against 10 additional rare plant species sequences and 10 non-rare species sequences, no positive amplification results were obtained. This suggests that the effectiveness of the rpoC1 gene marker in detecting rare plants through in silico diagnostic primers cannot be generalized to species outside the initial dataset, thus requiring further development.

	Text S_BIO_2102936_Title.pdf Download (4MB)
	Text S_BIO_2102936_Chapter1.pdf Download (148kB)
	Text S_BIO_2102936_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (219kB)
	Text S_BIO_2102936_Chapter3.pdf Download (10MB)
	Text S_BIO_2102936_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)
	Text S_BIO_2102936_Chapter5.pdf Download (127kB)
	Text S_BIO_2102936_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (924kB)

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	https://scholar.google.com/citations?hl=en&authuser=2&user=AMyc5yQAAAAJ ID SINTA Dosen Pembimbing: Topik Hidayat: 256954 Tina Safaria Nilawati: 6798289
Uncontrolled Keywords:	DNA barcoding, in silico PCR, konservasi tumbuhan, primer rpoC1, tumbuhan langka. DNA barcoding, in silico PCR, rare plants, rpoC1 primer, plant conservation.
Subjects:	Q Science > Q Science (General) Q Science > QH Natural history Q Science > QK Botany
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Program Studi Biologi - S1 > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User:	Aisyah Fikria Fauziah
Date Deposited:	22 Aug 2025 02:45
Last Modified:	22 Aug 2025 02:45
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/136073

Actions (login required)

View Item