ANALISIS FILOGENETIK MOLEKULER Orthosiphon spp. (LAMIACEAE) BERDASARKAN URUTAN DNA DARI INTERGENIC SPACER TRNL-F

Lisa Aslamiah, - (2024) ANALISIS FILOGENETIK MOLEKULER Orthosiphon spp. (LAMIACEAE) BERDASARKAN URUTAN DNA DARI INTERGENIC SPACER TRNL-F. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Baca Full Text klik disini
[img] Text
S_BIO_2000953_Title.pdf
Download (664kB)
[img] Text
S_BIO_2000953_Chapter1.pdf
Download (240kB)
[img] Text
S_BIO_2000953_Chapter2.pdf
Restricted to Staf Perpustakaan
Download (637kB)
[img] Text
S_BIO_2000953_Chapter3.pdf
Download (468kB)
[img] Text
S_BIO_2000953_Chapter4.pdf
Restricted to Staf Perpustakaan
Download (627kB)
[img] Text
S_BIO_2000953_Chapter5.pdf
Download (219kB)
[img] Text
S_BIO_2000953_Appendix.pdf
Restricted to Staf Perpustakaan
Download (1MB)
Official URL: https://repository.upi.edu/

Abstract

Orthosiphon Spp. (Kumis Kucing) termasuk tanaman yang banyak digunakan daunnya oleh masyarakat untuk pengobatan, sehingga keberadaannya perlu dilestarikan salah satunya dengan melakukan pemuliaan tanaman. Di samping itu, saat ini telah ditemukan adanya Orthosiphon sp nov. yang memiliki warna daun putih kehijauan dan belum adanya identifikasi taksonomi lebih lanjut sampai ke tingkat spesies. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mendapatkan informasi hubungan filogenetik Orthosiphon Spp. menggunakan DNA barcoding pada marka Intergenic Spacer trnL-F dan informasi identitas molekuler dari Orthosiphon sp nov.. Tahapan penelitian diawali dengan proses preparasi sampel, isolasi DNA, uji kualitatif dan kuantitatif DNA hasil isolasi, amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR, dan elektroforesis hasil PCR. Hasil amplifikasi DNA disekuensing dengan menggunakan jasa sekuensing Apical Scientific Laboratory, Malaysia. Analisis data dilakukan menggunakan software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA 11). Rekontruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) model p-distance dengan nilai bootstrap 1000 kali. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa spesies Orthosiphon saling berkerabat dekat, dengan jarak genetik rata-rata sebesar 0,02. Dalam pohon filogenetik yang direkonstruksi, terbentuk dua clade utama dengan tingkat kepercayaan (bootstrap) sebesar 72%. Orthosiphon sp. nov. mengelompok bersama Orthosiphon aristus dalam clade 1, sesuai dengan hasil analisis homologi menggunakan BLAST yang menunjukkan tingkat kesamaan sebesar 100%. Lebih lanjut, sekuen ini memiliki nilai indeks konsistensi (CI) 1 dan indeks keteraturan (RI) 1, menandakan tingkat homoplasi yang sangat rendah. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa Orthosiphon sp nov secara genetik berkaitan erat dengan Orthosiphon aristus, yang mendukung hasil analisis homologi.

Item Type: Thesis (S1)
Additional Information: https://scholar.google.com/citations?user=h9T73x8AAAAJ&hl=en&oi=ao ID SINTA Dosen Pembimbing Topik Hidayat: 256954 Didik Priyandoko: 6658318
Uncontrolled Keywords: Orthosiphon sp. nov., Orthosiphon aristatus, Intergenic Spacer trnL-F, Variasi Genetik Orthosiphon sp. nov., Orthosiphon aristatus, Intergenic Spacer trnL-F, Genetic Variation
Subjects: Q Science > Q Science (General)
Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions: Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Jurusan Pendidikan Biologi > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User: Lisa Aslamiah
Date Deposited: 03 Jun 2024 10:12
Last Modified: 03 Jun 2024 10:12
URI: http://repository.upi.edu/id/eprint/117747

Actions (login required)

View Item View Item