TY - THES ID - repoupi138425 TI - DESAIN PRIMER MULTIPLEX HRMA UNTUK DETEKSI DNA AYAM, SAPI, BABI, DAN TIKUS SECARA IN SILICO UR - https://repository.upi.edu/ M1 - other KW - HRMA KW - multiplex KW - primer KW - identifikasi daging KW - in silico HRMA KW - multiplex KW - primers KW - meat identification KW - in silico A1 - Alfi Hanifah Prameswari, - A1 - Diah Kusumawaty, - PB - Universitas Pendidikan Indonesia Y1 - 2025/08/28/ AV - restricted N2 - Produk pangan olahan berbasis daging di Indonesia memiliki kerentanan terhadap pemalsuan bahan dan kontaminasi silang yang dapat berdampak pada keamanan, kehalalan, dan kepercayaan konsumen. Kontaminasi bahan non-halal pada produk olahan daging di Indonesia menjadi isu penting terkait keamanan pangan dan kepatuhan terhadap standar halal. Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan mengoptimasi primer spesifik guna mengidentifikasi daging ayam, sapi, babi, tikus, dan kontrol internal menggunakan metode Multiplex High-Resolution Melting Analysis (HRMA) secara in silico. Data genom mitokondria teranotasi lengkap diunduh dari GeneBank . Desain primer dilakukan menggunakan Primer-BLAST, diikuti dengan uji spesifisitas melalui BLASTn dan PCRTest, simulasi suhu leleh (Tm) dan kurva melting dengan uMELT, serta evaluasi kompatibilitas primer menggunakan PrimerPooler. Kombinasi primer terpilih adalah Ayam 1, Sapi 1, Babi 9, Tikus 4, dan pGEM-t 2 yang menunjukkan perbedaan Tm minimal 1,4°C tanpa tumpang tindih kurva sehingga memungkinkan pemisahan puncak secara jelas dalam analisis HRMA. Analisis termodinamik menunjukkan tidak ada interaksi dimer signifikan (?G ? -7 kcal/mol), dan semua primer mampu mengamplifikasi target masing-masing. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa desain primer memiliki spesifisitas tinggi, kompatibilitas untuk PCR multiplex, serta potensi diaplikasikan pada deteksi kontaminasi silang dalam pangan. Temuan ini dapat menjadi langkah awal menuju pengembangan metode autentikasi berbasis HRMA yang cepat, akurat, dan relevan bagi pengawasan pangan halal di Indonesia. Namun, validasi in vitro dan pengujian pada matriks pangan nyata diperlukan untuk memastikan performa di laboratorium. Processed meat-based food products in Indonesia are vulnerable to ingredient adulteration and cross-contamination, which may affect safety, halal compliance, and consumer trust. The contamination of processed meat products with non-halal ingredients is a critical issue related to food safety and adherence to halal standards. This study aimed to design and optimize specific primers to identify chicken, cattle, pork, rat, and an internal control using the in silico Multiplex High-Resolution Melting Analysis (HRMA) method. Complete annotated mitochondrial genome data were downloaded from GeneBank. Primer design was conducted using Primer-BLAST, followed by specificity testing through BLASTn and PCR Test, melting temperature (Tm) and melting curve simulation with uMELT, and primer compatibility evaluation using PrimerPooler. The selected primer combination (Chicken 1, Cattle 1, Pig 9, Rat 4, and pGEM-t 2) demonstrated a minimum Tm difference of 1.4°C without curve overlap, enabling clear peak separation in HRMA analysis. Thermodynamic analysis indicated no significant dimer interactions (?G ? -7 kcal/mol), and all primers successfully amplified their respective targets. These results demonstrate that the designed primers possess high specificity, compatibility for multiplex PCR, and potential application in detecting cross-contamination in food. This finding may serve as an initial step toward developing a rapid, accurate, and HRMA-based authentication method relevant to halal food monitoring in Indonesia. Nevertheless, in vitro validation and testing on real food matrices are necessary to confirm laboratory performance. N1 - https://scholar.google.com/citations?view_op=list_works&hl=en&user=G17QSNcAAAAJ ID SINTA Dosen Pembimbing: Diah Kusumawaty: 6005459 ER -