PENGEMBANGAN PRIMER DIAGNOSTIK UNTUK IDENTIFIKASI KELANGKAAN JENIS TUMBUHAN DI INDONESIA BERDASARKAN PENANDA Internal Transcribed Spacer (ITS) SECARA IN-SILICO

Dea Amalia, - (2022) PENGEMBANGAN PRIMER DIAGNOSTIK UNTUK IDENTIFIKASI KELANGKAAN JENIS TUMBUHAN DI INDONESIA BERDASARKAN PENANDA Internal Transcribed Spacer (ITS) SECARA IN-SILICO. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Preview	Text S_BIO_1805417_Title.pdf Download (527kB) | Preview
Preview	Text S_BIO_1805417_Chapter1.pdf Download (154kB) | Preview
	Text S_BIO_1805417_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (239kB)
Preview	Text S_BIO_1805417_Chapter3.pdf Download (4MB) | Preview
	Text S_BIO_1805417_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)
Preview	Text S_BIO_1805417_Chapter5.pdf Download (107kB) | Preview
	Text S_BIO_1805417_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)

Abstract

Indonesia dikenal sebagai negara megabiodiversitas, aktivitas manusia seperti eksploitasi secara berlebih menjadi faktor yang menyebabkan kelangkaan spesies tumbuhan tertentu. Selama ini penentuan status kelangkaan dilakukan berdasarkan distribusi populasinya dan memerlukan waktu yang sangat lama. Analisis menggunakan DNA Barkod dapat menjadi alternatif dalam menyelesaikan permasalahan ini karena memerlukan waktu yang lebih singkat dan lebih akurat karena sifatnya sebagai pembawa informasi genetik. Dalam penelitian ini digunakan pendekatan secara in-silico menggunakan teknik DNA Barkoding dengan Internal Transcribed Spacer (ITS) sebagai penanda. Sebanyak 50 sampel sekuen DNA tumbuhan langka Indonesia yang diambil dari laman NCBI disejajarkan dan dibuat urutan konsensus. Berdasarkan urutan konsensus, kandidat primer dirancang dan dihasilkan 85 kandidat primer (31 pasangan primer). Pemeriksaan in-silico PCR menggunakan FastPCR menghasilkan pasangan primer tunggal yakni (1:F_380–402) dan (1:R_394-412). Uji efektivitas dilakukan menggunakan 20 sampel tumbuhan (10 langka dan 10 tidak langka). Hasil positif in-silico PCR ditunjukkan dengan keluarnya amplikon, sedangkan hasil negatif ditunjukkan dengan tidak keluarnya amplikon pada spesies tersebut. Hasil ini dapat membantu mendeteksi langka atau tidaknya suatu tumbuhan serta membantu menentukan upaya konservasi bagi tumbuhan tersebut kedepannya. Analisis menggunakan DNA barkod sangat menjanjikan di masa yang akan datang untuk deteksi awal dari kelangkaan suatu spesies tumbuhan. Kata kunci : tumbuhan langka, DNA Barkod, pendekatan in-silico, penanda ITS, identifikasi spesies Indonesia is known as megabiodiversity country, human activities such as over- exploitation become a factor that cause the rarity of certain plants species. The determination of the plants rarities are based on the distribution of their populations, which take many times. Therefore, quicker technique is needed to shorten the identification. DNA barcode could be an alternative to solve this problem because it can abridge the times and give more accurate results because its naturally carried the genetic information. In-silico approached using DNA Barcoding technique with Internal Transcribed Spacer (ITS) as a marker in this research. Fifty samples of Indonesian rare plants DNA sequences which taken from the NCBI were aligned and a consensus sequence was made. From the consensus, they’re created 85 primer candidates (31 pairs primers). The examination using in-silico PCR in FastPCR produced a pair primer, its(1:F_380-402) and (1:R_394-412). The ef ectiveness test was carried out using 20 plant samples (10 rare and 10 not rare). The positive results were indicated by the existence of the amplicon, while the negative results didn’t show it. These results can help to detect whether the plants are rare or not and to determine the conservation methods for the plants in the future. Analysis using in-silico approach is very promising for early detection of the rarities plants species in the future. Keywords : rare plants, DNA Barcode, in-silico approach, ITS region, species identification

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	Link Google Scholar : Topik Hidayat : https://scholar.google.com/citations?user=0kZ6i10AAAAJ&hl=nl Kusdianti : https://scholar.google.co.id/citations?user=HGXTE3EAAAAJ&hl=en ID SINTA Dosen Pembimbing : Topik Hidayat : 256954 Kusdianti : 6041647
Uncontrolled Keywords:	tumbuhan langka, DNA Barkod, pendekatan in-silico, penanda ITS, identifikasi spesies
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Jurusan Pendidikan Biologi > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User:	Dea Amalia
Date Deposited:	06 Sep 2022 02:11
Last Modified:	06 Sep 2022 02:11
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/77764

Actions (login required)

View Item