Tazkia Salma Hanifa, - (2022) PERANCANGAN PRIMER SPESIFIK UNTUK AMPLIFIKASI DAERAH CODING DAN 3'UTR GEN HSP70 AYAM WALIK. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.
|
Text
S_BIO_1807773_Title.pdf Download (673kB) | Preview |
|
|
Text
S_BIO_1807773_Chapter 1.pdf Download (151kB) | Preview |
|
![[img]](http://repository.upi.edu/style/images/fileicons/text.png) |
Text
S_BIO_1807773_Chapter 2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (459kB) |
|
|
Text
S_BIO_1807773_Chapter 3.pdf Download (166kB) | Preview |
|
|
Text
S_BIO_1807773_Chapter 4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (3MB) |
|
|
Text
S_BIO_1807773_Chapter 5.pdf Download (129kB) | Preview |
|
|
Text
S_BIO_1807773_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (70kB) |
Abstract
Pemanasan global menyebabkan kejadian cekaman panas pada ayam. Pada ayam, gen HSP70 dijadikan sebagai marka genetik untuk cekaman panas. Ayam Walik adalah ayam lokal Indonesia yang lebih resisten dari cekaman panas karena bulunya yang terbalik, sehingga panas tubuh lebih mudah menguap dari bagian kulit yang terekspos. Database dari gen HSP70 ayam Walik belum tersedia di genebank. Oleh karena itu, kelengkapan sekuens gen HSP70 ayam Walik diharapkan dapat dijadikan sebagai bahan kajian marka genetik ayam yang resisten terhadap cekaman panas di Indonesia. Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan primer spesifik untuk amplifikasi daerah coding dan 3’UTR pada gen HSP70 ayam Walik. Penelitian ini diawali dengan perancangan dan analisis in silico primer menggunakan NetPrimer, Primer-BLAST dan WebPCR. Kemudian dilanjutkan dengan pengujian secara in vitro dengan metode PCR dan sekuensing. Dari penelitian didapatkan dua rancangan primer yang secara in silico memenuhi kriteria primer ideal dan spesifik terhadap beberapa gen HSP70 G. gallus. Kemudian dibuktikan dengan pengujian in vitro, bahwa kedua primer berhasil mengamplifikasi gen HSP70 ayam Walik dengan pembuktian dari panjang produk amplifikasi, secara berurutan 963 bp dan 934 bp, serta hasil sekuensing dengan nilai identitas ≥98 % terhadap gen HSP70 G. gallus (No. Akses: J02579). Kesimpulan dari penelitian ini adalah didapatkan dua pasang primer spesifik untuk gen HSP70 ayam Walik, yaitu primer pertama (F1 5’-GGTGCTCACCAAGATGAAGG-3’dan R1 5’-TGGACGAGGACACTGCTCTG-3’) dan primer kedua (F2 5’-CTCGTCCAGGTGTATGAAGG-3’ dan R2 5’-TGCACTTGGCATTTCTCATC-3’) yang spesifik dan mengamplifikasi situs SNP dalam gen HSP70 ayam Walik, sehingga primer dapat digunakan dalam penelitian mengenai polimorfisme gen HSP70 ayam lokal Indonesia untuk seleksi ayam lokal yang resisten terhadap cekaman panas. Global warming causes heat stress in chickens. In chickens, the HSP70 gene is used as a genetic marker for heat stress. Walik Chicken is a local Indonesian chicken that is more resistant to heat stress because of its frizzle feathers, so that body heat is more easily evaporated from the exposed skin. The HSP70 gene database for Walik chickens is not yet available. Therefore, the completeness of the Walik chicken HSP70 gene sequence is expected to be used as a study material for genetic markers of chickens that are resistant to heat stress in Indonesia. The aim of the study was to obtain specific primers for amplification of the coding region and 3'UTR in the HSP70 gene of Walik chickens. This study begins with the design and analysis of in silico primers using NetPrimer, Primer-BLAST and WebPCR. Then proceed with in vitro testing with PCR and sequencing methods. From the research, it was found that two primer designs in silico met the ideal primer criteria and specific to several HSP70 G. gallus genes. Then continued by in vitro testing, that the two primers succeeded in amplifying the HSP70 gene of Walik chicken by proving the length of the amplification product, 963 bp and 934 bp, respectively, and sequencing results with an identity value of 98% against the HSP70 gene of G. gallus (No. Access: J02579). The conclusion of this study was that there were two pairs of specific primers for the HSP70 gene of Walik chickens, namely the first primer (F1 5'-GGTGCTCACCAAGATGAAGG-3' and R1 5'-TGGACGAGGACACTGCTCTG-3') and the second primer (F2 5'-CTCGTCCAGGTGTATGAAGG-3' and R2 5'-TGCACTTG GCATTTCTCATC-3') which is specific and also amplify SNP sites in the HSP70 gene of Walik chickens, so that primers can be used in research on HSP70 gene polymorphisms of Indonesian local chickens for the selection of local chickens that are resistant to heat stress.
| Item Type: | Thesis (S1) |
|---|---|
| Additional Information: | Link Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=Iw9IuB0AAAAJ&view_op=list_works&gmla=AJsN-F6pk46vI2fE_vYYwFwd-OQxbgo6t9idz6uRaw575VtVwbH2nLVFDKTzwOkS-HY28h2bLja4hu1pR54TXiNPESRZnX_Uj8ZgZVphQk-ARQp59ZqmHYg ID SINTA Dosen Pembimbing: Any Aryani : 6038233 Diah Kusumawaty : 6005459 |
| Uncontrolled Keywords: | Ayam Walik, Gen HSP70, PCR, Perancangan primer, Sekuensing, Uji in silico |
| Subjects: | L Education > L Education (General) Q Science > QH Natural history > QH301 Biology Q Science > QH Natural history > QH426 Genetics |
| Divisions: | Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Jurusan Pendidikan Biologi > Program Studi Biologi (non kependidikan) |
| Depositing User: | Tazkia Salma Hanifa |
| Date Deposited: | 05 Sep 2022 07:55 |
| Last Modified: | 05 Sep 2022 07:55 |
| URI: | http://repository.upi.edu/id/eprint/77442 |
Actions (login required)
 |
View Item |