ANALISIS PENAMBATAN MOLEKULER SENYAWA AKTIF DARI IKAN SIDAT (Anguilla bicolor bicolor) SEBAGAI ANTI-COVID-19 SECARA IN SILICO

Hasna Shalihah Ash Shiddiqiyah, - (2022) ANALISIS PENAMBATAN MOLEKULER SENYAWA AKTIF DARI IKAN SIDAT (Anguilla bicolor bicolor) SEBAGAI ANTI-COVID-19 SECARA IN SILICO. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

	Text S_BIO_1702480_Title.pdf Download (432kB)
	Text S_BIO_1702480_Chapter 1.pdf Download (182kB)
	Text S_BIO_1702480_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (421kB)
	Text S_BIO_1702480_Chapter3.pdf Download (421kB)
	Text S_BIO_1702480_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (3MB)
	Text S_BIO_1702480_Chapter5.pdf Download (134kB)
	Text S_BIO_1702480_Appendix.pdf Download (1MB)

Abstract

ABSTRAK Coronavirus disease 2019 (COVID-19) yang telah ditetapkan sebagai pandemi oleh organisasi kesehatan dunia (WHO), disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Hingga saat ini pencarian kandidat obat COVID-19 terus diupayakan dalam mengurangi penyebaran virus ini. Ikan sidat telah diketahui memiliki kemampuan sebagai antipiretik, antiinflamasi, dan antibakteri, akan tetapi belum ada penelitian terkait ikan sidat sebagai antivirus. Protein yang memiliki peran dalam perkembangan virus dan pengikatan antara virus dengan sel inang, yaitu Mpro, RBD dan ACE2 digunakan sebagai target dalam penelitian ini. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui potensi senyawa yang ditemukan pada ikan sidat (Anguilla bicolor bicolor) sebagai inhibitor terhadap Sars-CoV-2. Struktur protein target dan senyawa pada ikan sidat diperoleh dari basis data Protein Data Bank dan Pubchem. Penambatan molekuler dilakukan dengan menggunakan AutodockTools 1.5.7 dan hasil interaksi yang terjadi divisualisasikan menggunakan Pymol dan Discovery Studio. Selain itu senyawa uji dianalisis dengan mengikuti aturan Lipinski’s Rule of Five sebagai prediksi kemiripan obat dalam keamanan penggunaanya secara oral. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan dari 314 senyawa dari ikan sidat, enam diantaranya memiliki nilai afinitas ikatan yang kuat terhadap Mpro dan RBD Sars-CoV-2 yaitu Chenodeoxycholic acid 3-sulfate dengan energi bebas tertinggi (∆G -8,1 kkal/mol), dan 2 diantaranya memiliki nilai afinitas ikatan yang kuat terhadap ACE2 dengan Carboprost dengan energi bebas tertinggi (∆G -7,6 kkal/mol). Penelitian merupakan prediksi secara komputasi sehingga diperlukan kajian lebih lanjut dalam skala laboratorium secara in vitro dan vivo. Kata kunci: Anguilla bicolor bicolor, COVID-19, metabolit sekunder, penambatan molekuler, SARS-CoV-2 ABSTRACT Coronavirus disease 2019 (COVID-19), which has been designated as pandemic by the World Health Organization (WHO), is caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Exploring for COVID-19 drug candidates still continues to reduce the spread of the virus. Eel has been known to have antipyretic, anti-inflammatory, and antibacterial abilities, but there has been no research on eel as an antiviral. Proteins that have a role in viral development and binding between the virus and host cells, namely Mpro, RBD and ACE2 were used as targets in this study. The purpose of this study is to determine the potential of compounds found in eel (Anguilla bicolor bicolor) as inhibitors of Sars-CoV-2. The structure of target proteins and compounds in eel was obtained from the Protein Data Bank and Pubchem databases. Molecular docking is done using AutodockTools 1.5.7 and the results of the interactions that occur are visualized using Pymol and Discovery Studio. In addition, the bioactive compounds were analyzed by following Lipinski's Rule of Five as a predictor of drug similarity in safety for oral use. Based on the results of the study, out of 314 compounds from eel, six of them had strong binding affinity values for Mpro and RBD Sars-CoV-2, Chenodeoxycholic acid 3-sulfate which had the highest free energy (∆G -8.1 kcal/mol), 2 of them have a strong binding affinity for ACE2, Carboprost having the highest free energy (∆G -7.6 kcal/mol). This research is a computational prediction so that further studies are needed on a laboratory scale in vitro and in vivo. Keywords: Anguilla bicolor bicolor, COVID-19, molecular docking, SARS-CoV-2, secondary metabolite

Item Type:	Thesis (S1)
Uncontrolled Keywords:	COVID-19, SARS-CoV-2, Anguilla bicolor bicolor, molecular docking, secondary metabolite
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Jurusan Pendidikan Biologi > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User:	Hasna Shalihah Ash Shiddiqiyah
Date Deposited:	19 May 2022 02:40
Last Modified:	19 May 2022 02:40
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/72362

Actions (login required)

View Item