DESAIN DAN OPTIMASI PRIMER MULTIPLEKS UNTUK DETEKSI EFEKTIF BAKTERI Aeromonas hydrophila PATOGEN

Siti Triani Rakhmirianti, - (2020) DESAIN DAN OPTIMASI PRIMER MULTIPLEKS UNTUK DETEKSI EFEKTIF BAKTERI Aeromonas hydrophila PATOGEN. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

	Text S_BIO_1604578_Title.pdf Download (846kB)
	Text S_BIO_1604578_Chapter1.pdf Download (410kB)
	Text S_BIO_1604578_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (592kB)
	Text S_BIO_1604578_Chapter3.pdf Download (782kB)
	Text S_BIO_1604578_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (2MB)
	Text S_BIO_1604578_Chapter5.pdf Download (392kB)
	Text S_BIO_1604578_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (1MB)

Abstract

Aeromonas hydrophila merupakan microbial flora pada ikan air tawar yang dapat menyebabkan penyakit Motile Aeromonas Septicemia (MAS) apabila kondisi imun ikan menurun. Aeromonas memiliki taksonomi yang kompleks dengan karakter yang berbeda-beda di level intraspesies. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk optimasi dan perancangan desain primer multipleks untuk pendeteksian Aeromonas hydrophila patogen. Sampel bakteri yang digunakan yaitu A. hydrophila SI, A. hydrophila InaCC B464, A. hydrophila A2, A. hydrophila, Streptococcus sp. InaCC B571, dan Escherichia coli DH5α. Sampel A. hydrophila di validasi secara molekuler menggunakan PCR dengan 16s rRNA dan sembilan gen virulen pustaka Aeromonas (alt, act, ast, aerA, pla/lip, ahyB, asc-FG, lip, dan hlyA). Selanjutnya dilakukan uji in silico multipleks PCR pada primer gen virulen lalu dilakukan uji secara in-vitro. Hasil amplifikasi seluruh sampel dengan 16s rRNA menghasilkan amplikon 1.500 bp. Tujuh dari sembilan gen virulen teramplifikasi pada sampel A. hydrophila, enam di antaranya digunakan sebagai primer multipleks (mPCR-1: act, alt, ast; mPCR-2: aerA, pla/lip, ahyB). Hasil amplifikasi multipleks PCR untuk pendeteksian spesifik Aeromonas hydrophila patogen dapat menggunakan set primer mPCR-1 (act dan ast) dengan Ta 65℃ dan kombinasi konsentrasi primer yang sama sebesar (0.3 µM: 0.3 µM: 0.3 µM) serta set primer mPCR-2 (aerA, pla/lip, ahyB) dengan Ta 55℃ dan kombinasi konsentrasi primer (0.2 µM : 0.2 µM : 0.25 µM). Berdasarkan uji multipleks PCR, primer set mPCR-1 yang dirancang pada penelitian dapat digunakan sebagai solusi permasalahan amplifikasi. Kata Kunci: Aeromonas hydrophila, Motile Aeromonas Septicemia (MAS), Multipleks PCR Aeromonas hydrophila is a microbial flora in fresh water fishes that can cause Motile Aeromonas Septicemia (MAS) disease if the fish has a low immune. Aeromonas has a complex taxonomy with different characters at the intraspecies level. The aim of this study is to design and optimize multiplex primers for rapid detection of pathogenic Aeromonas hydrophila. A. hydrophila SI, A. hydrophila InaCC B464, A. hydrophila A2, A. hydrophila, Streptococcus sp. InaCC B571, and Escherichia coli DH5α were used as bacterial test. Molecular assay were used to test the validity of A. hydrophila samples using PCR with 16s rRNA and nine Aeromonas virulent genes (alt, act, ast, aerA, pla/lip, ahyB, asc-FG, lip, and hlyA). The in silico multiplex PCR test was carried out then the in-vitro test was performed. The result of validity test with 16s rRNA showed all of the samples amplified an amplicon of 1,500 bp. Seven of nine virulent genes were amplified, six of them were used as multiplex primers (mPCR-1: act, alt, ast; mPCR-2: aerA, pla/lip, ahyB). The results of multiplex PCR amplification showed that mPCR-1 primer sets (act and ast) with Ta 65℃ and the same combination primers concentration (0.3 µM: 0.3 µM: 0.3 µM) also mPCR-2 primer sets (aerA, pla/lip, ahyB) with Ta 55℃ and combination primers concentration (0.2 μM: 0.2 μM: 0.25 μM) can be used. Based on the multiplex PCR test, the mPCR-1 primer set designed in the study can be used as a solution to the amplification problem. Keywords: Aeromonas hydrophila, Motile Aeromonas Septicemia (MAS), Multiplex PCR

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	No panggil : S BIO SIT d -2020; NIM : 1604578
Uncontrolled Keywords:	Aeromonas hydrophila, Motile Aeromonas Septicemia (MAS), Multipleks PCR
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Jurusan Pendidikan Biologi > Program Studi Biologi (non kependidikan)
Depositing User:	Siti Triani Rakhmirianti
Date Deposited:	27 Aug 2020 08:10
Last Modified:	27 Aug 2020 08:10
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/50655

Actions (login required)

View Item