DETEKSI GENOMIC REPEATS MENGGUNAKAN ALGORITMA KNUTH-MORRIS-PRATT PADA R HIGH-PERFORMANCE COMPUTING PACKAGE

    Rachman, Ahmad Banyu (2017) DETEKSI GENOMIC REPEATS MENGGUNAKAN ALGORITMA KNUTH-MORRIS-PRATT PADA R HIGH-PERFORMANCE COMPUTING PACKAGE. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

    Abstract

    Proses pencarian pattern pada string untuk menemukan perulangan pasang basa pada sebuah sekuens Deoxyribonucleic Acid (DNA) membutuhkan waktu yang cukup lama. Penelitian ini membuat sebuah model komputasi paralel untuk melakukan sebuah pencarian pattern pada string dengan memodifikasi dan mengimplementasikan algoritma Knuth-Morris-Pratt pada R High-Performance Computing package bernama pbdMPI untuk data sekuens DNA manusia yang diunduh dari lama resmi Ensembl. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya percepatan yang sangat signifikan antara penggunaan stand alone dan penggunaan parallel computing dengan 2 cores, 4 cores, 8 cores. Penelitian ini juga membuktikan bahwa jumlah iterator yang semakin besar tidak beriringan dengan waktu komputasi yang lebih baik pula.----------- Pattern searching in string proccess to find repeating base pairs in Deoxyribonucleic Acid (DNA) sequences take a long time. This research builds a parallel computing model to search pattern in string by modifies and implements Knuth-Morris-Pratt algorithm on R High-Performance Computing Package pbdMPI for human DNA sequences from Ensemble site. The result shows a signifcant accleration between stand alone and parallel computing by 2 cores, 4 cores and 8 cores. This research proves that the higher value of iterator is not equal with better computation time

    Baca Full Text klik disini
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Title.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Title.pdf
    Download (90kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Table_of_Content.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Table_of_Content.pdf
    Download (92kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Abstract.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Abstract.pdf
    Download (94kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Chapter 1.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Chapter 1.pdf
    Download (98kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Chapter 2.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Chapter 2.pdf
    Restricted to Staf Perpustakaan
    Download (689kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Chapter 3.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Chapter 3.pdf
    Download (182kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Chapter 4.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Chapter 4.pdf
    Restricted to Staf Perpustakaan
    Download (924kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Chapter 5.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Chapter 5.pdf
    Download (142kB)
    [thumbnail of S_KOM_1303465_Bibliography.pdf] Text
    S_KOM_1303465_Bibliography.pdf
    Download (160kB)
    Official URL: http://repository.upi.edu
    Item Type: Thesis (S1)
    Additional Information: No Panggil:S IKOM RAC d-2017 ; Pembimbing: I.Lala Septem Riza ,II.Topik Hidayat ; NIM: 1303465
    Uncontrolled Keywords: DNA, human genom, genomic repeats, string matching, knuth-morris-pratt, high-performance computing
    Subjects: T Technology > TK Electrical engineering. Electronics Nuclear engineering
    Divisions: Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Program Studi Pendidikan Ilmu Komputer
    Depositing User: DAM staf
    Date Deposited: 26 Sep 2018 02:43
    Last Modified: 26 Sep 2018 02:43
    URI: http://repository.upi.edu/id/eprint/31668

    Actions (login required)

    View Item View Item