ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME

Indrawan, Nilamsari Kurniasih (2015) ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME. S1 thesis, Universitas Pendidikan Indonesia.

Preview	Text S_BIO_1102839_Title.pdf Download (67kB) | Preview
Preview	Text S_BIO_1102839_Abstract.pdf Download (274kB) | Preview
Preview	Text S_BIO_1102839_Table_Of_Content.pdf Download (135kB) | Preview
Preview	Text S_BIO_1102839_Chapter1.pdf Download (158kB) | Preview
	Text S_BIO_1102839_Chapter2.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (505kB)
Preview	Text S_BIO_1102839_Chapter3.pdf Download (400kB) | Preview
	Text S_BIO_1102839_Chapter4.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (180kB)
Preview	Text S_BIO_1102839_Chapter5.pdf Download (200kB) | Preview
Preview	Text S_BIO_1102839_Bibliography.pdf Download (288kB) | Preview
	Text S_BIO_1102839_Appendix.pdf Restricted to Staf Perpustakaan Download (244kB)

Abstract

Ikan Gurame (Osphronemus goramy) merupakan ikan air tawar yang banyak ditemukan di kawasan Indonesia yang memiliki kelimpahan yang cukup banyak serta memiliki banyak manfaat pada bidang pangan dan ekonomi. Potensi yang dimiliki dari O. goramy cukup tinggi, namun penelitian ikan gurame masih sangat minim. Penelitian mengenai database sequence, gen melanosit Melanocortin – 1 – Receptor (MC1R) pada O. goramy belum pernah diteliti. Gen MC1R adalah gen pengkode yang menerima respon berupa sinyal untuk memproduksi melanin dan proses pembentukan pigmen. Isolasi gen MC1R pada penelitian ini menggunakan metode PCR dengan dua pasang primer yang didesain berdasarkan sequence gen MC1R dari ikan Infraclassis Teleostei. Primer yang didesain yaitu primer degenerate non nested dan primer degenerate nested menggunakan aplikasi Primaclade. Hasil penelitian menunjukan bahwa gen MC1R berhasil disolasi menggunakan kedua pasangan primer yang telah didesain dengan analisis secara bioinformatik menggunakan aplikasi Premier Biosoft. Analisis bioinformatik menunjukan tidak terdapat struktur sekunder dari primer. Hasil BLAST primer menempel pada gen MC1R DNA genome dan CDS. Desain primer. Sequence gen sebagai peran utama untuk pembuatan primer spesifik dan dianalisis dengan validasi cDNA O. goramy yang telah terinfeksi oleh bakteri Aeromonas hydrophilla. Primer spesifik berhasil mengamplifikasi gen MC1R. Hasil sequence yang telah didapatkan, dikarakteriksasi serta dianalisis menggunakan pohon filogenetika dan aplikasi SMART untuk mengetahui kebenaran gen MC1R pada sequence DNA O. goramy. Ternyata O. goramy memiliki kekerabatan paling baik dengan Onigocia bimaculata dan memiliki kekerabatan dekat dengan ordo Tetraodontiformes,----------Gurame fish (Osphronemus goramy) is a freshwater fish that commonly found in the area of Indonesia, it has quite a lot abundance and has a lot of benefits in food and economic sector. Benefits of O. goramy felt by the public but research of the genes in Osphronemus goramy is still very low. Research on database sequences, melanocytes gene Melanocortin - 1 - Receptor (MC1R) on O. goramy has not been studied. MC1R gene is an encoding gene that receives signal’s response and process for producing melanin pigment formation. Isolation of MC1R gene in this study is using PCR with pair of primers designed based on the MC1R gene sequences Infraclassis Teleostei fish. Primers designed in this research is non-nested degenerate primers and nested degenerate primers using Primaclade. The results showed that the gene MC1R managed electrically insulated using both primers have the bioinformatics analysis using the Premier Biosoft application. Bioinformatics analysis showed there was no secondary structure of primer. BLAST results primer attached to the DNA genome and CDS MC1R gene. Sequence of genes as the main role for the manufacture of specific primers and analyzed by cDNA validation O. goramy who have been infected by Aeromonas hydrophilla bacteria. Specific primer managed to amplify the target. Results of sequence characterization that has been obtained by analysis using phylogenetic trees and applications SMART to determine the truth of the MC1R gene in the DNA sequence O. goramy. O. goramy have found that most good kinship with Onigocia bimaculata and has a close kinship with the order Tetraodontiformes.

Item Type:	Thesis (S1)
Additional Information:	No. Panggil: S BIO IND: i- 2015 ; Pembimbing: I.Diah kusumawaty II.Ainy Aryani
Uncontrolled Keywords:	Primer degenarate, Primer Non Nested, Primer Nested, Gen MC1R
Subjects:	L Education > L Education (General) Q Science > QL Zoology
Divisions:	Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Jurusan Pendidikan Biologi
Depositing User:	Mr. Tri Agung
Date Deposited:	25 Aug 2016 06:48
Last Modified:	25 Aug 2016 06:48
URI:	http://repository.upi.edu/id/eprint/22005

Actions (login required)

View Item